インテル コーポレーションとBroad Institute、 ゲノム解析ツールキットの解析速度を飛躍的に向上 ガン、神経変性疾患、循環器疾患の遺伝子サンプルの解析を高速化 2014 年 3 月 31 日 ＜ご参考資料＞ * 2014 年 3 月 26 日に米国で発表されたプレスリリースの抄訳です。 ニュース・ハイライト Broad Instituteのゲノム解析ツールキット（GATK）の最新バージョンを、インテル® Xeon®プロセッサーのインテル® Advanced Vector Extensions（インテル® AVX）に最適化 インテル® AVX活用により、メインの演算カーネルの高速化が可能になり、変異検出全般に要する解析スピードを3～5倍高速化 　インテル コーポレーション（本社：米国カリフォルニア州サンタクララ）とBroad Instituteは本日、医学的な遺伝子情報の解析と遺伝子変異の検出に要する時間を飛躍的に向上したと発表しました。インテルとBroad Instituteは、Broad Instituteが提供する最新バージョンのゲノム解析ツールキット（GATK）3.1を、インテル® Xeon®プロセッサーのインテル® Advanced Vector Extensions（インテル® AVX）に最適化することで、研究課題への対応や医学上の発見の高速化を実現するために、変異検出の全体的な時間を従来と比較して3～5倍高速化しました。 　これらの解析速度の向上により、従来では3日間かかっていた全ゲノム解析を1日で完了できます。そして、この新しい手法とGATK 3.1を組み合わせて利用することで、数万のDNAサンプルから構成されるデータセットを解析できるようになり、従来の手法と比較して100倍の解析速度の高速化を実現しています。また、大規模な相関研究での変異解析を高速化することで、これまで実現不可能と考えられていたガン、神経変性疾患、循環器疾患の新しい医学的発見が可能になります。 　Broad Institute ゲノム・シーケンシング担当グループ・リーダー 兼 アナリストのエリック・バンクス氏は「インテルとのパートナーシップを通じて、GATKに含まれる主要ツールの一つである変異コーラーの稼働時間を大幅に短縮できました。インテルとの協業を今後も継続し、GATKパイプライン全体の品質と性能の改善により、世界中の人々に貢献できることを楽しみにしています」と述べています。 　インテル コーポレーション 上席副社長 兼 データセンター事業本部長のダイアン・ブライアントは「インテルは、科学的発見の障壁となっていたコンピューティング上の最大のボトルネックの一つを、Broad Instituteの専門家と共同で解決できることを光栄に思います。私たちは、あらゆる人々にパーソナライズされた医療を実現するために、この意欲的な課題の解決に注力しています」と述べています。 　GATK 3.1は、非営利の研究目的用途のためにBroad InstituteのWebサイト（http://www.broadinstitute.org/gatk/）で公開されています。営利目的の商用ユーザーは、Appistry社より（http://www.appistry.com/gatk）、GATK … Continue reading インテル コーポレーションとBroad Institute、ゲノム解析ツールキットの解析速度を飛躍的に向上